明朝正德年间，武宗朱厚照崇信佛教，身边的太监许通“累事三朝，奉命提督福建市舶及总镇八闽，多历年，所名著绩宣”。于正德十年(1515年)“谢事养静”，便在海淀镇东南处“创建梵宇一区，敕赐名永通”，“以致其答报君上之意”。

　　嘉靖年间，世宗信向道教，而大力排毁佛法，永通寺经过48年的“凌雨震风，日就颓圯”。嘉靖四十二年(1563年)，首辅严嵩被黜为民，其子严世蕃被斩首。人心大快。开始重修永通寺。碑文中云：“司礼监太监李公端惜之，爰鸠工匠复行修饰。”其建筑规模为三进院落，东有一跨院。永通寺坐北朝南，南门外有石狮一对，山门殿3间，进门后东西有钟鼓2楼，正北为天王殿，供弥勒菩萨，过天王殿左右有伽蓝堂和祖师堂各3间，正北为大雄宝殿3间，内供释伽牟尼，大雄宝殿接东西耳殿各一间。绕过大雄宝殿，进小门，左右有佛堂和禅堂各3间，正北有法堂、藏经殿，法堂院东为四合院，左右配房各3间，正北为方丈室3间，方丈室左右接耳房各一问。其建筑“森列廊庑，缭以垣墉。”竣工于嘉靖四十三年(1564年)七月。整个工程“点垩丹漆，用率如度，华彩炫然增辉”。李端重修永通寺为的是“其国祝■，保延圣寿”。暗指徐阶为首辅大学士，重振朝钢，希冀朱世熜长寿。徐阶为《重修永通寺碑记》撰文，朱希忠正书并篆额。

　　到了清代，永通寺仍然不衰。文献中多处有载。《五城寺院册》中云：“南海淀有永通寺。”《日下旧闻考》中云：“永通寺明碑二：一敕赐永通寺名额碑；一重修碑。大学士徐阶撰，俱明嘉靖年立。”《宸垣识略》云：“永通寺在南海淀，前明旧刹，本朝康熙间重修。”

　　民国年间出版的《北平庙宇通检》上载：“永通寺，西直门外南海淀，明建。清康熙年间重修。”虽然改朝换代，但永通寺香火不断。1928年北平特别市寺庙登记中云：“永通寺坐落西郊三分署许家寺一号，建于明嘉靖年，属私建。本庙面积三亩余，房屋十三间，管理及使用状况为除自住供佛外，雇人在内作纸棚口。庙内法物有木像十位，泥像六位，木香炉五个，木蜡扦一对，另有水井一眼。”记载中有错误二处，一是坐落地点，应是海淀太平庄东，不在许家寺。二是永通寺始建于明正德十年(1515年)嘉靖四十二年(1563年)重修。

　　1936年第一次寺庙总登记中载：“永通寺(僧庙)，坐落西郊许家寺村一号，建于明，属私建。不动产土地约六亩五分，房屋十三间。管理及使用状况，为自行管理。庙内法物有佛偶像四尊，神偶像二十二尊，礼器十三件，雕刻三件，另有水井一眼。”记述中坐落地点为错记，因许家寺在大泥湾，此地为海淀镇太平庄东。

　　1947年北平第二次寺庙总登记中载：“庙名：永通寺，现任住持：化云。庙址：西郊许家寺1号，送表日期：10月7日。”此记中同样庙址有误。海淀镇东黄庄生人的冯幼华(女，1919年2月21日生，现年82岁)，谈到永通寺说：“这是一座和尚庙，坐落在海淀镇太平庄东，不在许家寺。其建筑坐北朝南，三层大殿，山门前有石狮子，殿前有石碑二三座，其座为赑屃。解放前海淀镇的泥人张，男，清瘦，身高17米，为人和霭，技艺不凡。在此庙住时，曾塑颐和园建筑全景。”

　　1958年7月，永通寺划归给七一棉织厂保管使用，当时辟为一个生产车间，用做制布打线。1969年，挖防空洞时，在永通寺院内曾出土罐子一个。七一棉织厂在永通寺天王殿的基址盖平房10间。在山门和钟鼓楼处建二层小楼。90年代，七一棉织厂将排房和小楼改为鼎昊写字楼，其门牌号码上写：“海淀通惠寺3号”记，“通惠寺”属当地讹传，正确称谓是“永通寺”。

　　2000年8月，将永通寺正殿(即大雄宝殿)拆除，此殿3楹，东西长11米，南北宽87米，遗剩西山墙，挑檐石，东山墙角柱石、基石，台明完好无损，山墙内夹有半头开条砖，说明清康熙年间此殿曾落架大修。同年12月，永通寺还存东耳殿和西耳殿。建筑形式为筒瓦、垂脊。瓦当和滴水均饰花卉图案。正殿东侧南面8米处，有油松一株，树径为04米，树叶繁茂。树南7米处又有油松一株，树径为038米，树冠如伞。均为清康熙年间重修寺庙时所植。

　　永通寺的创建，是明武宗朱厚照在信佛狂热中的产物。嘉靖年间重修，标志明世宗朱厚熜在崇道执迷中，徐阶劝帝省戒的产物。永通寺是北京的名刹，是海淀镇古老的寺庙，又是研究明史和海淀镇寺庙史的实物资料，距今有五百年的历史，在时下大拆大建中，本应保护而未有保护下来，实在可惜，可叹!