清净庵原属崇明县陈家镇德云村二队，始建于民国时期的二十世纪三四十年代，文革期间，不幸被毁。 
　　1995年8月，经崇明县人民政府批准，清净庵恢复宗教活动，并建成了佛殿、东西厢房、生活楼、念佛堂、大雄宝殿等宗教设施，共建起殿厢房十九间。当时的清净庵为二层民间建筑，山门前有菜园，占地二亩零六厘，建筑面积760平方米，监院为羡圣，有比丘尼五人。历经数年，清净庵在崇明东部地区已是一座初具规模的尼众道场。
　　随着崇明的逐步发展，清净庵得到了广大香客的支持。2004年起，清净庵开始全面翻建，将原殿房进行了改扩建，将原菜园改建为庵前广场，并重修了庵内的主体建筑。
　　2011年10月30日，崇明县清净庵隆重举行大雄宝殿落成暨全堂佛像开光庆典活动，来自沪苏的四众弟子近千人参加本次庆典活动。上海市佛教协会名誉会长、上海真如寺方丈妙灵长老，崇明县佛教协会会长、广福寺监院玄光法师出席庆典并先后致辞祝贺，活动由崇明县佛教协会常务副会长、无为寺监院玄洪法师主持。