崇因寺位于正定城内北门里街南侧路西。据光绪版《正定县志》记载，“明万历丁未（1607年）僧无疑募建。内贮佛经新旧个一藏，乾隆丙午发帑重修。”而据寺内万历年间的碑文所记“粤崇因禅林，古之天王兰若，罹兵燹，兴废弗稽于何代也。”说明此处早在明代之前就已经有寺庙香火，后毁于战火，只是经过万历三十五年（1607年）的重建，并命名为崇因寺才迎来了寺院的复兴。

据史料分析，崇因寺的兴盛与万历皇帝及其生母慈圣皇太后的扶持有着密不可分的联系。明中叶以后，随着经济的恢复与发展，佛教寺院重新兴盛起来。万历年间，神宗皇帝的生母、慈圣皇太后十分崇佛。据载，李太后（即慈圣皇太后）有许多好佛之举，如将北京房山云居寺内雷音洞所藏佛舍利一定迎入慈宁宫供奉；结交高僧德清（即憨山大师）；在英华殿内做佛事并亲手种植菩提树等。由于李太后的崇佛，万历朝各处建造佛寺常得到朝廷的支持。如阜外八里庄的慈寿寺及永安塔，就是李太后为“穆考荐冥祉，神宗祈胤嗣”而修建的；浙江普陀山上的镇海寺即为万历八年（1580年）建造，并得到皇帝所赐“护国镇海禅寺”额；万历三十三年（1605年），朝廷对普陀山上的普济寺拨款修复后赐额“护国永寿普陀禅寺”；还有位于上海南郊的龙华寺在万历年间受赐毗卢佛像、金印等物后，成为天台宗十刹之一②。据张居正文集所记的敕建承恩寺、敕修东岳庙等碑文曰“出内帑银若干”、“出宫中供奉金若干两”等，可见李太后崇佛之心，其工程所费也就可想而知了。许多寺院都留下了与之相关的建筑与碑文。正定崇因寺现存一通“敕谕一道”碑，此碑刻于明万历三十七年（1609年）二月。碑阳刻圣旨全文，内容记述了万历皇帝“敕谕敕赐护国崇因寺开山第一代住持性定僧众人等”。特赐崇因寺“佛氏藏经旧刻六百三十七函”，并特差“太监王忠斋请前去彼处供安”。碑阴之募缘疏中又记“今安圆回三级千佛金像”（即今毗卢佛像），我当今皇上同圣母慈圣皇太后老娘娘御制所造。今展拓重修，建四方大殿（即毗卢殿）。”由此可见，崇因寺的兴建即是这一特定历史时期的产物。寺内所供主尊毗卢佛也应是万历皇帝及其生母为了表明皇恩浩荡、“光明遍照”、“遍一切处”而敕赐的。综合碑文及上述资料推测，崇因寺当年建好后的寺额应为万历皇帝所赐的“护国崇因寺”。自万历年间奉敕重修后，崇因寺成为当时香火鼎盛、僧徒云集的佛教活动场所。入清后，崇因寺依然受到皇室的重视和青睐，乾隆皇帝曾经三次驾临崇因寺，并留下了御碑和诗文.据寺内原存乾隆五十一年（1786）御碑所记，乾隆帝曾于“乾隆四十六年（1781年）展谒五台，途径正定，时隆兴大佛寺落成瞻礼之暇访崇因遗迹”，因见“禅宇荒芜，经幢就圮，爰发帑命吏重葺新之”。五十一年，崇因寺已修葺完工，乾隆帝第二次来到寺院，见“门殿楼阁奂如翼如，垣墉仡如，堂舍栉如……毗卢宝幢、须弥石座体相庄严，一一涌现，坏着成之，故者新之……”遂御笔写下碑文。五十七年（1792年），乾隆帝驾临正定，又一次巡幸崇因寺，他作诗感悟“崇因”曰：（壬子孟夏崇因寺作）崇因寺久废，丙午为葺成。葺成虽实果，崇因乃虚名。阮思因为所，则其果号能。能所本是幻，因果又岂诚？崇者复属谁？金仙默弗评。乾隆帝三临崇因寺，使该寺名声大震，成为正定府显赫的佛教寺院。

清代后期，在国力渐衰的情况下，崇因寺仍然保持着北方佛教名寺的地位。据载，道光年间，正定知府沈涛令人遍访州县寺观，抄录、拓印各地碑碣，并将一些珍贵的佛教经幢、碑碣迁入崇因寺内妥善保持。但随着国衰民穷的日益加剧，崇因寺逐渐冷清下来，尤其是民国以后，军阀混战、战火摧残，至解放初期，崇因寺已经是殿阁圮敝，杂草丛生了，建国后，崇因寺先后被华北军区后勤部制鞋厂、正定二中、教师进修学校等单位占用。为了便于保护那尊精美绝伦的御制铜铸毗卢佛，1959年，经河北省文化局批准，将寺中尚存的毗卢殿及毗卢佛像一同迁建于隆兴寺保管。20世纪90年代，恒山东路的修通，更是将崇因寺拦腰切成两段，南半部又建起住宅楼，至此，崇因寺遗址仅存琉璃照壁、藏经楼两座建筑，已无寺院模样了，可说是名存实亡了。崇因寺的建筑虽然现在已所剩无几，但它在历史上曾是正定八大佛教寺院之一，也是正定佛教寺院兴衰史的历史见证，值得一书。