通慧禅林始建于清初，相传开山祖师法名诵林。依九华山慧明禅师剃度出家，自食其力，不事募化，与东崖天籁轩吴襄深相默契。后来诵林祖师克勤克俭，自备材料在东崖西麓建造一座寺宇。上梁之前，诵林选了一个日子特意请吴襄斟酌。吴襄用天干地支稍加推算即说：“此非吉日，有恶星刹下凡。”诵林说：“万事万物相克相生，此非吉日，但有妙处。”最后他还是定此日上梁。上梁时，有一位长者从化城寺方向走来，问当家师傅：“今天并非好日，为何上梁?”诵林回答：“今日有恶星刹下凡，但有紫微高照福星化解。”长者听了不禁心喜，自言自语说了一声：“这和尚通慧。”诵林听得真切，赶忙上前双膝跪下：“谢我主龙恩，此庵有此造化，即以通慧为名。”原来，此位长者正是微服察访的康熙皇帝。从那以后九华山古刹群中又增加了一座大庙—通慧庵。
　　清道光年间（1821～1850）为九华山著名诗僧敬简禅师所居。清咸丰年间毁于兵火。光绪七年（1881）住持僧法轮募化重建。1923年住持僧文泽。1925年至1949年住持僧宝严、密如。 1949年住持僧宝严。
　　文革期间遭到破坏，寺庙破旧，佛像被毁。1986年住持比丘尼仁义法师用个人积蓄恢复重建本寺，规模如旧。寺院坐东朝西，大殿后东北侧与大花厅毗邻的为“小花厅”，2层3间楼宇，长9米、宽4米。大殿北侧是斋堂、僧房。西南面围有院墙，四周古木参天。院前溪水潺潺，曲径通幽。仁义师太修复之后将寺院交于弟子思尚法师，1995年6月住持尼思尚在大殿北侧新建观音殿，民居式，砖木结构，建筑面积230平方米，内供7米高观音塑像。2010年冬思尚法师将寺院托交于弟子如严法师1995年11月比丘尼仁义法师85岁时圆寂。其徒遵师嘱，将其遗体坐缸存放。1999年1月开缸，其肉身完好，今装金供奉于通慧禅林，拟建悦殊殿以安放。