云林寺是崇明岛最古老的寺院，始建于清朝顺治年间，距今已有三百多年的历史，乾隆皇帝曾为本寺题过一个“福”字。
　　三百多年来，云林寺高僧辈出，其中颇具盛名的有善福法师，整觉法师，悟空法师，智圆法师，了道大师，正守法师等。尤为突出的是了道大师，他是净宗十三祖印光法师的得意弟子，圆寂于1947年。 他生前多次到祖国和海外各地讲经说法，其弟子不下数万人。了道大师是崇明岛、启东市、海门市三地净土宗的创始人，故云林寺被称为崇明岛的佛教发源地。云林寺被毁于1958年大跃进年代，因开河道，寺院被拆大半。文革期间，寺院彻底被毁，被改成橡胶厂。
　　1986年崇明县民宗办批准重建，恢复云林寺古道场。