荣溪宫年久失修，加上市区旧城改建，宫宇沿靠南官公路形成低沉路面丈八有余。鉴于宫宇急需翻建升高，使其更为雄伟壮观，为市容增添景观。在有关部门和海内外善男信女慷慨解囊下集资二百万，于1994年8月动工，1995年3月竣工，总面积达1635.94平方米。共分成三层，上层为主殿和后殿，主殿供奉主神玄天上帝，还有广泽尊王、康王、玄坛公、潘府大人公、田都元帅、观音大士等神；后殿为太岁殿，供奉斗姥元君、南北斗星君、六十甲子尊神等。中层沿南官公路8间店面，下层为管委会办公室、会议室。宫前是平台水泥楼板，建有一座戏台，可供庙会和节日演戏活动。

翻建后的荣溪宫整体建筑朱墙绿瓦，雕梁画栋，龙柱逼真，装饰精美，金碧辉煌。

  1998年11月，荣溪宫新塑一尊高1.58米用红豆杉雕塑的玄天上帝，配上旗、剑、龟、蛇四大法宝和大钟、大鼓、金钟、玉磬四大法器，这八项工艺制品，成为荣溪宫的镇宫之宝。

这几年来，荣溪宫管委会受到各级政府和部门的肯定与赞扬，各项荣誉接踵而至，2002年7 月还被泉州市民宗局评为“五好”宗教活动场所。